Yeni kurulacak Boğaziçi Başkanlığı ile iki yeni kurul olacak. Başkanlık ve kurul üyelerini Cumhurbaşkanı atayacak.

Yeni yönetim, boğazlarda imar ve cins değişiklikleri dahil her türlü yetkiyi kullanabilecek. 

Görüşe açılan teklif taslağına göre, İstanbul Boğaziçi alanında yerleşme ve yapılaşmanın planlaması, koordinasyonu, imar uygulamalarının yapılması ve denetlenmesi konularında halen yetkili olan Boğaziçi İmar Yüksek Koordinasyon Kurulu, Boğaziçi İmar İdare Heyeti ve Boğaziçi İmar Müdürlüğü kaldırılacak. Böylece kurullardaki bakanların, idare heyetindeki İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Ekrem İmamoğlu'nun ve İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne ait Boğaziçi İmar Müdürlüğü'nün yetkileri de elinden alınmış olacak.

Yeni düzenlemeyle kaldırılan 3 kurumun yerine Boğaziçi Başkanlığı ile Boğaziçi Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma ve Düzenleme Kurulları gelecek.

Olağanüstü yetkilerle donatılacak olan Boğaziçi Başkanlığı Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'na bağlı, merkezi İstanbul'da, kamu tüzel kişiliğini sahip özel bütçeli bir kurum olacak. Başkanlık, kısa süre içerisinde 160 memur ve 50 işçiyi işe alıp faaliyetlerine başlayacak. Başkan ve 3 yardımcısını Cumhurbaşkanı atayacak. 11 üyeden oluşacak 2 ayrı kurulun üyeleri de yine Cumhurbaşkanı tarafından atanacak. Yeni kurulacak başkanlık, boğazlarda parselasyon planı, arazi düzenlemesi trampa, kamulaştırma, ihdas, alan düzeltme, cins değişikliği, taksim, terk gibi kritik yetkilerle donatılacak. Başkanlık, Boğaziçi Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma ve Düzenleme Kurulları ile bakanlık boğazlardaki yapılaşma, imar düzenlemeleri, yıkım, kentsel dönüşüm ve denetim gibi her konuda yetki kullanıp uygulatacak.